En sus alegaciones, y en el caso concreto de las afecciones a Bilbao, el Gobierno Vasco cree conveniente "que se modifique la propuesta de Adif de trazar a cielo abierto 400 metros en Olabeaga planteando, como alternativa, una prolongación del falso túnel que discurre bajo el tronco principal del acceso viario ejecutado a Bilbao desde la AP-8. Así, el nuevo ramal quedaría totalmente cubierto y respetaría los planes de uso residencial en la zona previstos por el Ayuntamiento de Bilbao en su Plan General de Ordenación Urbana".
Conexión túnel del Serantes
Para Ortuella, propone dar "continuidad al túnel de Serantes mediante un trazado soterrado que conectará directamente con el nuevo túnel proyectado", indica Aiz ante el trazado propuesto por Fomento, que supone la conexión del túnel de Serantes con un tramo a cielo abierto de más 600 metros de longitud que concluye una vez superado el paso a nivel situado en el entorno de la estación de Ortuella.Además de plantear alternativas a los viaductos sobre los ríos Castaños y Kadagua, en lo que se refiere a la conexión de la línea de ancho métrico Balmaseda/Bilbao con el Puerto de Bilbao, el Gobierno Vasco plantea "estuchar" las vías de ancho ibérico y métrico en el tramo Lutxana/Puerto de Bilbao. De este modo, se conseguirá potenciar el tráfico de mercancías por ferrocarril en la cornisa cantábrica.Desde el Gobierno Vasco se considera necesaria la conexión del Puerto de Bilbao con las redes ferroviarias para conseguir un transporte sostenible e intermodal siguiendo las pautas europeas de respeto medioambiental. Los nuevos trazados significarán la conexión de la Nueva Red Ferroviaria vasca con el resto de la cornisa atlántica.