El edificio que albergará la terminal debe estar integrado en la estructura general del puesto de adelantamiento y estacionamiento de trenes contemplado en este lugar para ordenar el tráfico ferroviario.
La importancia de la estación de Ezkio-Itsaso, además de por el servicio que ofrecerá a las personas viajeras, reside en las posibilidades logísticas que incluirá desde el punto de vista ferroviario. En este sentido, la terminal dispondrá de un espacio ferroviario más amplio y extenso donde los trenes podrán maniobrar o estacionar, además de simplemente circular en vía doble.
Vías de apartado
Para ello, se construirán dos vías de apartado a cada lado de las vías generales, con 750 metros de longitud útil por sentido. Estas vías permitirán, en ambos sentidos de circulación, el estacionamiento de trenes de viajeros y el apartado de los de mercancías.
El tramo Ezkio-Itsaso al que pertenece la estación del mismo nombre tiene una longitud de 2.800 metros, en los que se han construido tres viaductos, y es uno de los pocos segmentos de la Y Vasca que discurre en su totalidad a cielo abierto.
La organización de urbanización y acceso a la estación se estructurará mediante una calzada principal, procedente de la carretera GI-3351 que une Zumarraga con Ezkio.