Desde hace unos meses, existe una vía de agua en una zona del túnel que mantiene inundada la obra ejecutada. Tras realizar sondeos y estudios, se determinó la necesidad de ejecutar unas pantallas de pilotes secantes para crear una barrera exterior al agua. Serán necesarias también inyecciones controladas de cemento y un refuerzo estructural de las pantallas. Tras ello, se vaciará el túnel y se mantendrán bombeos de control del nivel freático. Las intervenciones tienen un plazo máximo de ejecución de siete meses. Una vez finalizadas las obras, se analizará el estado del túnel y se acometerá la segunda fase del proyecto de acceso a la terminal, cuya redacción está adjudicada.
El contrato de la obra fue resuelto con la constructora adjudicataria por problemas en su ejecución, por lo que fue necesario plantear la redacción de un nuevo proyecto para finalizar el túnel. La accesibilidad terrestre a la nueva terminal, no obstante, está garantizada: hasta que el túnel no esté operativo, el paso de camiones y vehículos se hará en superficie a través de las instalaciones de Navantia.