Bermeo es el único puerto con actividad comercial gestionado por el Gobierno Vasco, si bien aproximadamente la mitad de la superficie de atraque comercial está dentro del término municipal de Mundaka. Cuenta con unos 658 metros lineales de muelles y restricciones de 6,5 metros de calado y 110 de eslora, por lo que solo puede acoger buques relativamente pequeños.
El Gobierno Vasco dio hace cuatro años un nuevo impulso al Puerto de Bermeo al acometer los trabajos de reparación de los muelles de Xixili y Erroxape con el fin de solucionar el estado de deterioro que presenta, generado por la acción marina y por el uso de maquinaria pesada para la carga y descarga de las dos empresas comerciales, Bermeo Offshore y Marbeco, Marítima Bermeana de Consignaciones, fundada en 1987.
Así, en el muelle Erroxape, además de repavimentar toda la superficie se completó la reposición de servicios afectados y se realizó una nueva red de drenaje de los muelles comerciales, con una inversión de 1,50 millones de euros.
Por su parte, en el muelle Xixili se reparó la estructura y se mejoró la pavimentación de la zona de almacenamiento, para adaptarla a las nuevas necesidades del puerto. También se completó la reposición de servicios afectados y se realizó una nueva red de drenaje de los muelles comerciales. En este caso, el presupuesto de adjudicación fue de 1,02 millones de euros.